Двигатель не должен выдавать энергию в генератор. Никак. Руда тратится на прыжок и все. Если энергия прошла от прыжка в генератор, значит, что-то не то. Ее избытка вообще не должно было быть, и хорошо, что избыток уже в разряды, иначе бы вас расщепило уже.
Это может быть косяк конструкции (кучу раз проверенной), это может быть неизвестное доселе влияние скачка. Все таки первый раз, ну и т.д. Генератор жрет топливо, что в корабле все функционировало. От лампочек до ангара и пушек. Это жизненно важная штуковина.